Microbiologia Geral e Microbiologia Ambiental:
A linha de pesquisa tem como ênfase os estudos em laboratório e campo da atividade dos microrganismos e apresenta uma correlação entre a ecologia microbiana e alterações positivas e negativas no ambiente biótico e abiótico causado por microrganismos.
Microbiologia Humana:
A microbiologia humana envolve o conhecimento básico da etiologia e da patogenia das doenças causadas por bactérias, vírus e fungos, em seus aspectos bioquímicos, fisiológicos e patológicos, tendo a espécie humana como hospedeiro. Envolve ainda o diagnóstico, a prevenção e a epidemiologia de doenças causadas por microrganismos em humanos.
Microbiologia Animal:
A linha de pesquisa envolve o estudo de bactérias, fungos e vírus causadores de doenças em animais silvestres ou domésticos, em todos os aspectos da biologia, fisiologia e patogenicidade do microrganismo. Envolve ainda o diagnóstico, a prevenção e a epidemiologia de doenças causadas por microrganismos em animais não-humanos.